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干扰素治疗的不良反应分为急性和慢性两种。常见的急性反应表现为流感样的不适，如畏寒发热、乏力、头痛、关节痛等。慢性反应有秃发、乏力、肌肉关节酸痛、体重减轻、食欲不振、恶心、呕吐、腹痛、腹泻、肝功能损害加重、白细胞和血小板下降、焦虑、激惹、压抑、性欲减退、听力下降、视力下降、眩晕、头痛、头晕、失眠、迟钝、定向力丧失、谵妄、昏迷、易受细菌感染等。其中，脱发是最常见的慢性不良反应之一，一般在治疗期间。不需要治疗。停用干扰素数月后，脱发逐渐好转，并生出新发。